La colección arqueológica adquirida a Max Konanz, ciudadano suizo, durante 30 años de transitar por territorio ecuatoriano, fue adquirida por la Institución, convirtiéndose en el núcleo inicial del futuro Museo. En una casa ubicada en la calle García Moreno y Sucre, en Quito, estos tesoros ancestrales fueron organizados, dándose con esto inicio a la conformación científica de las colecciones arqueológicas, artísticas y numismáticas, las que una vez sistematizadas, investigadas, clasificadas e incrementadas, después de 10 años de gestación, el 1º de diciembre de 1969, en los 5º y 6º pisos del nuevo edificio del Banco Central del Ecuador en la Av. 10 de Agosto y Briceño, se abrió al público el "Museo Arqueológico y Galerías de Arte del Banco Central del Ecuador", que se conocería luego bajo el honroso nombre de "Guillermo Pérez Chiriboga".
La idea impulsora de los gestores del Museo fue procurar que el Ecuador tuviera asideros fundamentales, pruebas tangibles y testimonios reales en los cuales afincar y consolidar un concepto de nación. Así se fue generando no solo un Museo, sino sobre todo un principio: que la cultura debe estar en el centro del desarrollo del país, iniciativa que más tarde fue desarrollada por la UNESCO y conocida como "la dimensión cultural del desarrollo".
A lo largo de los años, el Museo se convirtió en la Institución pionera en la salvaguarda del patrimonio cultural de la nación, abriendo su gestión hacia la difusión museológica de sus acervos, con énfasis en la didáctica a estudiantes y propiciando la fundación de numerosos museos de sitio en las distintas regiones del Ecuador.
